Obtendo o valor de pixel da varredura GDAL sob o ponto OGR sem NumPy?

Estou trabalhando em um modelo computacional da abundância de polinizadores selvagens em uma paisagem. O modelo em si está completo e agora estou lutando com uma etapa de pós-processamento.

Eu tenho a minha varredura de suprimento de polinizadores GDAL que se parece com isso (cores mais claras significam maior visitação do polinizador em um pixel):

E eu tenho um shapefile de pontos do OGR representando locais de amostra na paisagem:

Estou tentando executar algumas análises nos pixels sob esses pontos, mas, para fazer isso, preciso extrair o valor de um pixel sob um ponto.

É possível extrair o valor de um pixel em um ponto usando apenas OGR e GDAL através do Python? Eu preferiria evitar ler toda a varredura na memória ReadAsArray(), pois meus rasters de saída são muito, muito grandes (muito grandes para caber na memória).

Notei este post , que é semelhante, mas requer uma chamada de linha de comando.

Você pode usar o método gdal.Dataset ou gdal.Band ReadRaster. Veja os tutoriais da API GDAL e OGR e o exemplo abaixo. O ReadRaster não usa / requer numpy, o valor de retorno são dados binários brutos e precisa ser descompactado usando o módulo de estrutura python padrão .

Um exemplo:

from osgeo import gdal,ogr
import struct

src_filename = '/tmp/test.tif'
shp_filename = '/tmp/test.shp'

src_ds=gdal.Open(src_filename) 
gt=src_ds.GetGeoTransform()
rb=src_ds.GetRasterBand(1)

ds=ogr.Open(shp_filename)
lyr=ds.GetLayer()
for feat in lyr:
    geom = feat.GetGeometryRef()
    mx,my=geom.GetX(), geom.GetY()  #coord in map units

    #Convert from map to pixel coordinates.
    #Only works for geotransforms with no rotation.
    px = int((mx - gt[0]) / gt[1]) #x pixel
    py = int((my - gt[3]) / gt[5]) #y pixel

    structval=rb.ReadRaster(px,py,1,1,buf_type=gdal.GDT_UInt16) #Assumes 16 bit int aka 'short'
    intval = struct.unpack('h' , structval) #use the 'short' format code (2 bytes) not int (4 bytes)

    print intval[0] #intval is a tuple, length=1 as we only asked for 1 pixel value

Como alternativa, como o motivo que você deu para não usar numpyfoi para evitar a leitura de toda a matriz em uso ReadAsArray(), abaixo está um exemplo que usa numpye não lê toda a varredura.

from osgeo import gdal,ogr
import struct

src_filename = '/tmp/test.tif'
shp_filename = '/tmp/test.shp'

src_ds=gdal.Open(src_filename) 
gt=src_ds.GetGeoTransform()
rb=src_ds.GetRasterBand(1)

ds=ogr.Open(shp_filename)
lyr=ds.GetLayer()
for feat in lyr:
    geom = feat.GetGeometryRef()
    mx,my=geom.GetX(), geom.GetY()  #coord in map units

    #Convert from map to pixel coordinates.
    #Only works for geotransforms with no rotation.
    px = int((mx - gt[0]) / gt[1]) #x pixel
    py = int((my - gt[3]) / gt[5]) #y pixel

    intval=rb.ReadAsArray(px,py,1,1)
    print intval[0] #intval is a numpy array, length=1 as we only asked for 1 pixel value