A única coisa que você pode transferir teoricamente sem problemas é qgis.db (em .qgis /), desde que haja a mesma versão do QGIS.
Como este é um banco de dados SQLite, você pode abri-lo para ver o que há dentro

e é possível observar que existem apenas informações sobre os sistemas de projeção usados por uma versão específica do QGIS (uma para o QGIS 1.8 e outra para a versão principal do QGIS no meu caso), com também o CRS personalizado que você definiu.

Se você conhece SQLite, não é difícil exportar seu CRS personalizado e importá-lo em outro banco de dados SQLite.
De resto, depende do sistema operacional (consulte Configuração do QGIS )
- Linux: as configurações são salvas em um arquivo de texto: $ HOME / .config / QuantumGIS / qgis.conf
- Mac OS X: as configurações são salvas em um arquivo plist: $ HOME / Library / Preferences / org.qgis.qgis.plist
- Windows: as configurações são armazenadas no registro, como já mencionado
Por exemplo, detalhes do arquivo plist do QGIS 1.8 no Mac OS X com alguns dos serviços wms que eu uso:

Agora, como exportar essas configurações?
- você pode usar um arquivo de projeto que armazena todos os elementos (camadas, estilos, etc.) em um arquivo XML (.qgs). Aqui, um dos serviços wms salvos nas minhas configurações

- você pode usar arquivos de estilo (.qml, também XML), mas se você usar símbolos SVG, também precisará copiá-los
- e se você conhece Python, também pode extrair o que deseja de um arquivo XML (arquivo plist), um arquivo de texto (arquivo .conf) e até do banco de dados do registro.