PostGIS . A documentação do Geoserver possui o seguinte comentário :
"Os shapefiles são um formato muito comum para dados geoespaciais. Mas se você estiver executando o GeoServer em um ambiente de produção, é melhor usar um banco de dados espacial como o PostGIS. Isso é essencial para transações (WFS-T). A maioria dos bancos de dados espaciais fornece Embora existam muitas opções para bancos de dados espaciais (consulte a seção Trabalhando com Bancos de Dados), o PostGIS é recomendado. Oracle, DB2 e ArcSDE também são suportados. "
Esta não é a história toda; mesmo que você não se importe com o WFS, tudo, desde a classificação nativa até a capacidade de criar e publicar visualizações PgSQL, desempenho de consultas, segurança de dados, armazenamento ... basta usar o PostGIS.