Respostas:
A conta do usuário administrativo do ArcSDE (sdeuser) é responsável pela administração do seguinte:
ArcSDE geodatabase system tables, triggers, and procedures The ArcSDE service Versions
O administrador do ArcSDE possui todos os arquivos, diretórios e tabelas do sistema de geodatabase do ArcSDE. Por esse motivo, a conta administrativa do ArcSDE deve ser criada antes que o geodatabase possa ser criado. O administrador do banco de dados (DBA) cria o administrador do ArcSDE e concede a esse usuário as permissões necessárias. Nas instalações do Windows, isso pode ser realizado através do assistente de Pós-instalação. No UNIX / Linux, isso é feito manualmente e depende do sistema operacional e do sistema de gerenciamento de banco de dados (DBMS) que você está usando.
Todos os outros usuários devem ter Permissões CONCEDIDAS em suas contas para carregar / alterar / excluir dados.
A chave para isso é:
Recomenda-se que o administrador do ArcSDE e seu esquema sejam usados apenas para gerenciar e armazenar tabelas do sistema ArcSDE. Você deve criar esquemas de usuário separados para armazenar seus objetos de dados do ArcSDE, como classes de recursos e conjuntos de dados de varredura. Você não deve armazenar esses objetos no espaço de armazenamento do administrador do ArcSDE, pois você pode travar o serviço ArcSDE preenchendo o espaço do administrador do ArcSDE
Documentação completa: http://webhelp.esri.com/arcgisserver/9.3/java/index.htm#geodatabases/user_pe-564470524.htm
Você não deseja que o SDE possua os dados. Você também não deseja que seus espaços de tabela sejam entrelaçados com seus espaços de tabela SDE (administração de banco de dados e lado do desempenho da empresa). Pode tornar as atualizações e outras manipulações de dados mais complexas. Além disso, quando você faz logon como SDE, possui privilégios elevados, o que significa que você pode executar acidentalmente uma ação que impactaria todo o geodatabase, onde, se você estivesse logado como um usuário diferente, seria quase impossível.
Há muito mais considerações, mas essas são apenas algumas.