Primeiro, você precisa importar a lista de coordenadas para o seu projeto. Este tutorial explica bem como fazer isso: http://qgis.spatialthoughts.com/2012/01/importing-spreadsheets-or-csv-files-to.html
Quando você tiver duas camadas (polígonos e pontos) em seu projeto, vá para vetor> ferramentas de gerenciamento de dados> associar atributos por local

Você obtém uma janela onde é possível definir quais camadas você deseja combinar:

- Defina sua camada de pontos como a 'camada de vetor de destino'.
- Defina sua camada de polígono como 'unir camada de vetor'.
- Defina seu Shapefile de Saída (será criado um novo. Portanto, se você perdeu, os dados originais são preservados).
- Você pode optar por manter todos os dados no novo arquivo de forma, mesmo que não haja correspondência com um polígono: marque 'manter todos os registros (incluindo registros de destino não correspondentes)'
Clique OK'. O novo shapefile é criado e você será perguntado 'Deseja adicionar a nova camada ao sumário?' Clique novamente em OK.
Abra a atribuição de atributo do novo shapefile adicionado e você verá que todos os recursos do polígono correspondente são adicionados ao ponto estabelecido nesse polígono.