Embora já existam algumas respostas aqui, meus pensamentos (sendo agora 10 anos na área de pesquisa). No entanto, pouco antes, posso dizer que localmente existem conferências importantes - com menos participantes internacionais, devido à disponibilidade de orçamentos de viagens. Também é provavelmente importante em qual campo de aplicação GIScience você trabalha. Por exemplo, se você estiver em cartografia, ecologia ou transporte, etc.
Então, da minha experiência, e para onde todos os principais pesquisadores vão, é definitivamente
(1) o GIScience - que é a cada 2 anos.
(2) Em todos os anos, há Conferência sobre Teoria da Informação Espacial - COSIT. Então, muitas pessoas importantes também vêm lá.
(3) ACM SIGSPATIAL (todos os anos), com público muito técnico (novos algoritmos - pessoas da Oracle, Microsoft, Google, etc. podem estar lá)
=> Colocar alguma apresentação em qualquer uma dessas conferências é uma conquista e pode ser contado como ter um artigo de jornal. No entanto, se você não ingressar no GIScience etc. com a sua inscrição: não se preocupe muito. Eu acho que sempre há o dobro do número de inscrições do que vagas para apresentações. Então, você ainda pode ver quais oficinas existem ao mesmo tempo e talvez presentes lá.
Depois, há outras conferências que têm uma longa tradição e que eu não posso classificar como uma delas sendo melhor:
(4) Conferência sobre Manejo de Dados Espaciais (SDH, a cada 2 anos), AGILE (a cada ano), GeoComputação (a cada 2 anos) e AutoCarto (a cada dois anos?).
(5) Se a publicação não é tão importante, mas você quer ver e aprender algo e fazer alguns contatos (gostei muito de estudante de doutorado), então: vá para GIS Research UK (GISRUK, todos os anos). Se você está interessado em GIS de código aberto, o FOSS4G (todos os anos) também deve ser sua escolha para conhecer pessoas com interesses semelhantes ou a outra pessoa com quem você conversou apenas por e-mail por anos.
As conferências mais recentes que podem ser interessantes são: OpenSource GIS (OSGIS) no Reino Unido e Simpósio de Pesquisa e Educação Geoespacial de Código Aberto (OGRS). Provavelmente, a participação vale a pena se você mora perto da área em que isso acontece.
Bem, e se você estiver em Cartografia, Mapeamento e GIS, então o Int. A Conferência Cartográfica (ICC, a cada 4 anos) também deve estar presente. Da mesma forma, vale para o trabalho de Sensoriamento Remoto e SIG relacionado à Conferência ISPRS, que também é realizada a cada 4 anos. Para os agrimensores, essa pode ser a FIG (porém, não acho que a publicação seja muito importante aqui) e para todos em infraestruturas de dados espaciais, esta é a série de conferências GSDI.
Para as pessoas na América do Norte, a Conferência da AAG (Association of American Geographers) (duas vezes por ano?) É interessante. E se você gosta mais de Sensoriamento Remoto, é a Conferência ASPRS (todos os anos) que deve atrair você. Da mesma forma, para as pessoas na Alemanha, Áustria e Suíça, o AGIT pode ser um lugar para ir e se encontrar. O Canadá tem, na verdade, SKI (Conhecimento e Informações Espaciais).
Tenho certeza de que esqueci alguma conferência, mas ... bem, é por isso que outras pessoas também podem escrever aqui. No final, você pode visitar a cada ano muitas conferências e workshops. Tudo depende do seu orçamento de viagem. Além disso, você pode dar uma olhada nos workshops realizados em conjunto com as conferências maiores (ou seja, algum tipo de reunião de especialistas e um local ainda melhor para conhecer pessoas do seu subcampo). Eles são um bom indicador da importância de uma conferência - basta verificar quantos workshops estão associados à Conferência GIScience e quem os organiza.
O que é finalmente importante: estive perto de enviar algo para uma conferência ou workshop que estava em dúvida sobre a credibilidade (que você pode fazer você pagar muito dinheiro - mas estão em locais que você sempre quis visitar: como o Brasil ou Dubai, mais ou menos ..). Então, nesse caso, procurei quem está no conselho da comissão da conferência (para revisões de submissão, etc.) - mas não faz parte dos organizadores - e se eu sabia o nome da lista em alguma publicação. Depois, escrevi para uma pessoa que ouvi ou conheci e perguntei se ela iria. Então, dependendo da resposta dessa pessoa, eu enviaria ou não.
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Então, e se alguém me lembrar, eu também escreveria um pouco sobre minha impressão dos periódicos a serem publicados. No entanto, como alguém mencionado acima, sinto que o maior impacto pode ser alcançado se você publicar em um periódico da a área em que seu trabalho GIS está relacionado: ou seja, (a) verifique onde seus leitores podem estar e (b) quão técnico é seu artigo.