Para sua informação, a ferramenta de buffer sempre usa as unidades do sistema de referência de coordenadas (CRS) da camada de entrada. No seu caso, para armazenar seus pontos em buffer, ele sempre usará o WGS84 em graus (uma vez que o WGS84 é um sistema de coordenadas geográficas, e não um projetado).
Observe que alterar o CRS usando "definir camada CRS" não altera seus valores reais. Ele diz apenas ao QGIS "de agora em diante, leia esses valores como se estivessem nesse CRS diferente". O Wish diria, por exemplo, que "a partir de agora leia esses graus como se fossem medidores", e isso não funcionará bem! :-P
Portanto, é muito importante que todas as suas camadas sejam definidas com o CRS correto. Se ativado, o QGIS "Transformação on the fly" lerá camadas de diferentes CRSs e as exibirá no CRS do projeto escolhido. (é por isso que suas camadas funcionam juntas)
A solução é muito simples, tudo o que você precisa é reprojetar os dados apontados para um CRS projetado adequado. Pelo que posso ver, o RGF93 / Lambert-93 é adequado para sua área de trabalho.
- Clique com o botão direito do mouse na camada "pontos" e escolha "Salvar como ...";
- Escolha "CRS selecionado" em vez de "Camada CRS";
- Procure o CRS desejado. (digitando 'RGF93' no filtro, ele ajudará você a encontrar e selecionar o "RGF93 / Lambert-93" (EPSG: 2154) CRS);
- Escolha o local do shapefile de saída, selecione "adicionar arquivo salvo ao mapa" e clique em OK.
A camada resultante agora pode ser usada como entrada para a ferramenta buffer, e agora você pode usar medidores na distância dos buffers.
Espero que isto ajude!