Achei o spatialite mais útil que os shapefiles, pois não possui as limitações do shapefile e também é portátil. Muitas pessoas aqui usam shapefiles para trocar dados e até mesmo os especialistas não conhecem esse novo formato.
Quais são as vantagens do uso de spatialite sobre shapefiles?
Pode ser usado em vez de shapefile?
Concentre-se apenas nos formatos portáteis, ou seja, que podem ser trocados usando pen drives. GML, GeoJSON, KML, CSV não são uma opção e não são diretamente editáveis no GIS.
ATUALIZAÇÃO: Faz mais de 5 anos e o novo desenvolvimento é direcionado para o geopackage, que está relacionado ao spatialite.
Então agora a pergunta é mais como Vantagens de usar GEOPACKAGE sobre GEODATABASE?