Em primeiro lugar, estou correto de que a imagem mostra um polígono para apontar um relacionamento? Nesse caso, você deseja garantir que os polígonos se destacem mais e que correspondam visualmente aos links. Sugiro que escolha uma cor de grupo (digamos azul), use preenchimento de polígono azul claro, uma borda azul escura (ajuda os olhos a resolver a borda do polígono) e azul médio para o link (associa o link ao polígono).
Eu não usaria cores para expressar os volumes de fluxo nos links, como você fez acima, provavelmente estará muito ocupado com muitos links, largura e transparência são as variáveis para brincar.
Em segundo lugar, a essência do problema é o volume de dados, não é possível produzir um gráfico simples da rede 1000+ sugerida, pois a visualização seria muito confusa. Até agora, as duas principais sugestões parecem agrupar arestas (visualização em árvore) ou produzir um gráfico em que desconectar os locais do espaço real cria mais espaço para visualizar as conexões (da mesma maneira, perdendo locais verdadeiros o famoso tubo O mapa de Londres cria mais 'espaço' no centro de Londres para ajudar a visualizar as conexões entre as estações de metrô muito próximas). Ambos têm valor, mas o gráfico tem a desvantagem óbvia de que, enquanto visualiza a rede, você perde as posições espaciais reais.
Uma alternativa é lidar com a sobrecarga de dados dividindo os dados em grupos. Se não houver grupos lógicos, os segmentos direcionais (N, NE, E etc) são uma maneira possível de fazê-lo. Eu criaria uma visualização em que todos os relacionamentos estivessem acinzentados; na sobreposição do mouse, os polígonos e links relevantes aparecerão em cores fortes. Uma sub opção seria trabalhar o mouse através de botões de alternância ou de camada de rádio, onde várias seções poderiam ser escolhidas de uma só vez.
Você também pode produzir uma animação em que os links são mostrados como loops 3D e os segmentos não são pintados um a um, com o ponto de vista da câmera mudando para aproveitar ao máximo o 3D (consulte http://senseable.mit.edu/obama/the_world). html, que mostra o que quero dizer com loops e alterações na visualização da câmera). Depois que a animação é exibida, os usuários podem explorar livremente o mapa com botões de opção que controlam os segmentos ou grupos de dados.
Não é tão complexo conseguir usar o cliente ou a API e o kml do Google Earth, escrevi em blog sobre a produção de loops aqui http://googleearthdesign.blogspot.com/2009/09/loop-links-in-google-earth.html e passeios aqui http://googleearthdesign.blogspot.com/2009/08/creating-tours-howto-2-turning-elements.html . kml é muito fácil de entender http://code.google.com/apis/kml/documentation/ .
Embora eu sempre tenha medo de que visualizações 'chamativas' sejam inteligentes, mas ineficazes, eu suspeito que essa funcionará como eficaz e o bônus é que a animação 3D impressionará a maioria dos clientes.