Isso me deu horas intermináveis de frustração, e as respostas acima (mesmo as dos comentários) também não funcionaram para mim, mas eu encontrei minha própria solução que fez o truque.
Acontece que, para fazer uma interseção ou um clipe entre duas camadas, elas devem ser salvas no disco com o mesmo CRS . Portanto, mesmo que pareçam se sobrepor ao QGIS, pode estar fazendo sua própria transformação "On the Fly" para alinhá-los.
Para corrigir isso, faça isso para cada camada:
- Clique com o botão direito, Salvar como ...
- Defina o formato como ESRI Shapefile, escolha um nome de arquivo e escolha um CRS que você usará para todas as camadas. Clique em OK para salvar e carregar esse arquivo.
- Repita para a outra camada, selecionando o mesmo CRS.
- Use a ferramenta de clipe com as novas camadas. Isso deve fazer o truque.
Se você quiser ver se a transformação 'On the Fly' está causando problemas, faça o seguinte:
- Vá para o menu Projeto e clique em Propriedades do projeto ...
- Vá para a guia CRS
- Desmarque a opção Ativar transformação CRS 'on the fly' e clique em Aplicar , OK
Se os seus CRSs não forem os mesmos, as camadas não deverão mais se sobrepor. Você pode ver a posição de qualquer camada clicando com o botão direito do mouse na camada e indo para Aplicar zoom à camada . Quando você carrega os dois arquivos com CRS idêntico, eles devem se alinhar perfeitamente.