Eu tive um problema semelhante, mas tinha os dois valores que desejava converter para dados sem dados E valores sem dados existentes na varredura.
Vim a esta página para obter ajuda, mas acho que há uma ressalva nas abordagens aqui. Os métodos do @underdark e do @Micha parecem funcionar apenas onde não há valores sem dados existentes na varredura.
Para contornar isso, você precisa converter os valores sem dados e os valores que deseja converter em sem dados, em um número consistente. Não há problema em usar o segundo passo do @underdark.
Para fazer isso, use a Caixa de ferramentas de processamento> Reclassificar valores de grade (SAGA) para converter os valores e os valores sem dados em um número comum (por exemplo, -999), ao mesmo tempo. Especificamente, use o método "range" e especifique o intervalo. Em seguida, em substituir valores sem dados, escolha esse mesmo valor (por exemplo, -999). Desmarque substituir outros valores. Isso funciona para uma única alteração de valor ou alterações mais complexas também.
Em seguida, siga o método @underdark e salve a varredura usando Raster> Conversão> Traduzir e marque sem dados, digitando o valor que você usou (por exemplo, -999).