A espacialidade pode ser interessante porque é rápida para uso local. Você pode carregá-lo diretamente na RAM da sua máquina e é apenas um arquivo, por isso é realmente portátil e compartilhável. Você pode criar índices da árvore R na geometria.
Assim como o PostGIS, o Spatialite segue os padrões OGC e muitas de suas funções são semelhantes às do PostGIS e podem ser usadas no SQL. É também " [...] um formato alternativo para os Shapefiles da ESRI, que têm vários problemas herdados (como tipos de armazenamento e tamanhos de nomes de colunas etc.) " ( wiki do PostGIS ).
O plug-in rasterlite também é muito eficiente para gerenciar dados rasterizados usando pirâmides e compactação de imagem. ( manual oficial do usuário rasterlite )
O PostGIS também é uma boa opção, tudo o que você precisa está lá. Seria uma opção melhor se seus dados fossem editados por muitos usuários simultaneamente ou se você deseja hospedar grandes conjuntos de dados, como OSM. A propósito, o osm2pgsql é uma ferramenta confiável para importar dados do OSM para o PostGIS.
As vantagens (entre outras) de usar o DB é que você pode usar o SQL para consultas e criar índices espaciais. Além disso, é relativamente fácil migrar camadas entre os formatos Spatialite, PostGIS e Shapefile, para que você possa usar facilmente uma mistura das três.
ATUALIZAÇÃO 2019: eu preferiria usar o GeoPackage sobre o Spatialite para um banco de dados SQLite GIS independente