Respostas:
ogr2ogr -f CSV output.csv input.gpx -lco GEOMETRY=AS_XYZ
com alguns avisos deve fazer o truque. Os avisos não dizem respeito à geometria dos pontos. Esse comando provavelmente poderia ser aprimorado para remover avisos extras e manipular apenas pontos. Esse seria o seu trabalho ;-))
Editar: Veja a página dedicada para aprimoramentos. Você poderá consultar apenas * track_points * e converter o timestamp usando as opções -sql . A propósito, mesmo se você receber um aviso sobre carimbo de data e hora, ele será gravado como texto sem formatação no seu arquivo csv.