Eu acho que seus requisitos seriam atendidos de maneira mais fácil e intuitiva por ter um único mapa com todas as camadas incluídas e, em seguida, escrever um script Python simples que use layer .visible para ativar / desativar camadas antes de exportar cada página usando ExportToPDF .
O PDFDocument pode então ser usado para anexar as páginas em um único arquivo PDF.
A técnica é descrita em um blog da Esri chamado Combinando Páginas Orientadas a Dados com Python e arcpy.mapping, que também inclui o código abaixo.
Por exemplo, você pode criar um atlas temático com várias páginas especificando um tema diferente em cada página. O exemplo a seguir amplia o zoom para um lote selecionado, alterna a visibilidade da camada diferente e exporta o layout para vários temas, a fim de criar um relatório de lotes com um mapa do solo, um mapa de inundação e um mapa de zoneamento:
import arcpy, os
#Specify output path and final output PDF
outPath = r”C:MyProjectoutput\”
finalPdf = arcpy.mapping.PDFDocumentCreate(outPath + “ParcelReport.pdf”)
#Specify the map document and the data frame
mxd = arcpy.mapping.MapDocument(r”C:MyProjectMyParcelMap.mxd”)
df = arcpy.mapping.ListDataFrames(mxd, “Layers”)[0]
#Select a parcel using the LocAddress attribute and zoom to selected
parcelLayer = arcpy.mapping.ListLayers(mxd, “Parcels”, df)[0]
arcpy.SelectLayerByAttribute_management(parcelLayer, “NEW_SELECTION”, “”LocAddress” = ’519 Main St’”)
df.zoomToSelectedFeatures()
#Turn on visibility for each theme and export the page
lyrList = ["Soils", "Floodplains", "Zones"]
for lyrName in lyrList:
lyr = arcpy.mapping.ListLayers(mxd, lyrName, df)[0]
lyr.visible = True
#Export each theme to a temporary PDF and append to the final PDF
tmpPdf = outPath + lyrName + “_temp.pdf”
if os.path.exists(tmpPdf):
os.remove(tmpPdf)
arcpy.mapping.ExportToPDF(mxd, tmpPdf)
finalPdf.appendPages(tmpPdf)
#Turn off layer visibility and clean up for next pass through the loop
lyr.visible = False
del lyr, tmpPdf
del mxd, df, finalPdf