Como executar um clipe GIS verdadeiro da camada de polígonos usando uma camada de polígono no R?

Gostaria de fazer um clipe GIS verdadeiro em R de polígonos de solos usando uma série de polígonos de limite único, mas não consigo encontrar uma função R para fazê-lo corretamente. Deve funcionar exatamente como a clipfunção no ArcMap da ESRI. Eu tentei o overmétodo no sppacote, mas ele não parece funcionar para polys sobre polys.

Uma sugestão foi usar o pacote gIntersectionin rgeoscomo um clipe usando o seguinte código:

#------------------------------------
library(rgeos)
library(maptools)

#Read layers as SpatialPolygonsDataFrame (both the same Albers projection)
Soils_poly = readShapePoly("Soils_polygons")  #Note - Has 400 polygons
clipper_poly = readShapePoly("clipper_polygon")  #Note - Has 1 polygon

#Try gintersection as clip 
Clipped_polys = gIntersection(Clipper_Tile_poly, Soils_poly)

#-----------------------------------

Demora 5 minutos para ser executado (muito lento) e erros com isso:

Erro no RGEOSBinTopoFunc (spgeom1, spgeom2, byid, id, drop_not_poly, "rgeos_intersection"): TopologyException: nenhum dirEdge de saída encontrado em -721459.77681285271 2009506.5980877089

Eu também tentei este código para verificar se há sobreposição:

gIntersects(Clipper_Tile_poly, Soils_poly)

e o resultado foi VERDADEIRO. clipA função ESRI ArcMap funciona bem para esses dados.

Alguém sabe de uma função R para fazer corretamente um clipe em polígonos espaciais usando polígonos espaciais?

A dica fornecida pelo @mdsummer de usar byid=TRUEfunciona com precisão.

Veja o exemplo reproduzível abaixo:

library(rgeos)
library(sp)

#Create SpatialPlygons objects
polygon1 <- readWKT("POLYGON((-190 -50, -200 -10, -110 20, -190 -50))") #polygon 1
polygon2 <- readWKT("POLYGON((-180 -20, -140 55, 10 0, -140 -60, -180 -20))") #polygon 2

par(mfrow = c(1,2)) #in separate windows
plot(polygon1, main = "Polygon1") #window 1
plot(polygon2, main = "Polygon2") #window 2

polygon_set <- readWKT(paste("POLYGON((-180 -20, -140 55, 10 0, -140 -60, -180 -20),",
                     "(-190 -50, -200 -10, -110 20, -190 -50))"))

par(mfrow = c(1,1)) #now, simultaneously
plot(polygon_set, main = "Polygon1 & Polygon2")

clip <- gIntersection(polygon1, polygon2, byid = TRUE, drop_lower_td = TRUE) #clip polygon 2 with polygon 1
plot(clip, col = "lightblue")

GT <- GridTopology(c(-175, -85), c(10, 10), c(36, 18))
gr <- as(as(SpatialGrid(GT), "SpatialPixels"), "SpatialPolygons")
plot(gr)

clip2 <- gIntersection(clip, gr, byid = TRUE, drop_lower_td = TRUE)
plot(clip2, col = "pink")

Você também pode usar o pacote raster raster::intersect(spdf1, spdf2). Ele tem a vantagem de manter os atributos, caso você tenha um SpatialPolygonsDataFrame.

library(sp); library(rgeos)

coords1 <- matrix(c(-1.841960, -1.823464, -1.838623, -1.841960, 55.663696,
                55.659178, 55.650841, 55.663696), ncol=2)
coords2 <- matrix(c(-1.822606, -1.816790, -1.832712, -1.822606, 55.657887,
                55.646806, 55.650679, 55.657887), ncol=2)
p1 <- Polygon(coords1)
p2 <- Polygon(coords2)
p1 <- Polygons(list(p1), ID = "p1")
p2 <- Polygons(list(p2), ID = "p2")
myPolys <- SpatialPolygons(list(p1, p2))
spdf1 = SpatialPolygonsDataFrame(myPolys, data.frame(variable1 = c(232,
                                                               242), variable2 = c(235, 464), row.names = c("p1", "p2")))
coords1a <- matrix(c(-1.830219, -1.833753, -1.821154, -1.830219, 55.647353,
                 55.656629, 55.652122, 55.647353), ncol=2)
p1a <- Polygon(coords1a)
p1a <- Polygons(list(p1a), ID = "p1a")
myPolys1 <- SpatialPolygons(list(p1a))
spdf2 = SpatialPolygonsDataFrame(myPolys1, data.frame(variable1 = c(2),
                                                  variable2 = c(3), row.names = c("p1a")))

# works but drop the attributes
#gIntersection(spdf1, spdf2, byid=T)

#better to keep attributes
inter1=raster::intersect(spdf1, spdf2)

plot(spdf1, col="red")
plot(spdf2, col="yellow", add=T)
plot(inter1,col="blue", add=T)

Graças a esta pergunta, indique isso e para obter um código de exemplo.