Não, não há uma especificação de metadados GeoJSON.
Definitivamente, não coloque metadados no objeto de propriedades como sugere o @RK.
Eu sugeriria, como o @albert, usando algum JSON-LD. Você pode adicionar os metadados Dublin Core a uma coleção de recursos da seguinte maneira:
{ "@context": {
"description": "http://purl.org/dc/terms/description",
... },
"type": "FeatureCollection",
"description": "My features",
... }
(Consulte também https://github.com/geojson/geojson-ld/blob/master/contexts/geojson-dcterms.jsonld )
Se você quiser continuar usando os metadados do FGDC, poderá incluir um link para um documento de metadados no seu JSON.
{ "type": "FeatureCollection",
"fgdc": "http://example.com/metadata.xml",
... }
Apenas certifique-se de explicar aos outros (talvez usando JSON-LD) qual é o sentido desse item "fgdc".