EPS não é um formato com perdas. Mas o formato que você usa para suas partes de varredura pode ser (os JPGs que você está usando são sempre com perdas e você perde algo a cada salvamento sucessivo).
Em ambos os casos, você não deve usar JPGs para produção de impressão. Use o TIF para varredura para garantir que você não introduza artefatos de compactação indesejados. O TIF não precisa ser prejudicial para economizar espaço, você simplesmente não terá a mesma economia de espaço que obteria com o JPG. Eu argumentaria que esses benefícios são insignificantes no máximo. Basta ir com TIF para impressão.
A menos que você esteja aplicando texto a uma imagem no Photoshop, exportar para EPS é completamente desnecessário, e eu recomendaria usar o TIF. O EPS adiciona um invólucro de código que não é necessário aqui.
Se você estiver adicionando texto à imagem, sugiro colocar a imagem em um documento do Illustrator, adicionar o texto lá e salvá-lo como EPS. Há benefícios claros em fazer isso: você mantém o controle de edição do texto e obtém todos os benefícios do vetor (texto extra nítido para um).
ATUALIZAÇÃO com base na edição do OP:
Um JPG não é "já perfeito". JPG é um formato com perda do qual a imagem precisa ser convertida, mesmo a configuração de compactação mais baixa ainda está comprimindo e deixando um artefato em algum lugar. Mas o EPS não é o correto, mesmo que você adicione texto à imagem posteriormente. Para exemplos de como a compactação funciona e quão ruim pode ficar, consulte o seguinte:
Você está certo que uma única edição em um arquivo de alta resolução pode não fazer uma diferença prática. Mas o que acontece se o aplicativo em que você estiver trabalhando salvar o JPG em uma compactação diferente e maior que a original? Esses artefatos serão compostos ao longo do tempo.
Você precisa converter sua arte em JPG e em um formato mais apropriado, como TIF. Não é difícil, e é fácil configurar uma conversão em lote no Photoshop.
Só porque as empresas de fotografia armazenam seu conteúdo em JPG não significa que você possa usá- lo nesse formato.
Atualize para responder às perguntas diretamente, de acordo com o comentário do OP após a aceitação:
... é necessário salvá-lo como o EPS na etapa entre o Photoshop e o InDesign?
Se você não estiver adicionando texto à imagem ao editá-la no Photoshop, não, não é necessário salvar a imagem como EPS. Se você estiver adicionando texto, esse trabalho deverá ser feito no Illustrator e salvo como EPS.
Estou perdendo algo além de com ou sem perdas sobre um EPS que o torna melhor para isso?
Sim. Acho que você está entendendo mal os papéis que os vários formatos de arquivo desempenham na produção impressa.
O JPG foi criado em 1986 para oferecer um meio de armazenar muitos dados de imagem em um espaço menor; O JPG foi criado em uma época em que o espaço em disco era pequeno e muito, muito caro por KB (note que não MB, porque essa era uma métrica muito rara no final dos anos 80). O JPG foi adotado pela web porque oferecia distribuição de arte e fotos de qualidade razoável com volume mínimo de dados, hoje tão importante quanto nos anos 80 e 90, e é parte da razão pela qual as agências de estoque ainda o usam para distribuição na web. Entretanto, o JPG nunca foi projetado para ser usado em fluxos de trabalho de impressão de alta qualidade e para várias iterações de edições no mesmo arquivo, especificamente devido à compactação com perdas que acompanha o padrão JPG.
O EPS é um subconjunto da linguagem Postscript completa e é voltado principalmente para a arte vetorial. A arte raster (ou seja, fotos) não é nativa do EPS e está sujeita a todos os tipos de código de cola para incluí-lo. Como o Postscript é uma linguagem "gorda", a inclusão da arte pode ser feita de várias maneiras diferentes. Como o Postscript mantém a arte em sua forma original, não é garantido que não haja perdas em formatos com perdas, uma vez que o conteúdo pode ser, e geralmente é, refatorado em um ponto ou outro durante um fluxo de trabalho de impressão. Faz sentido importar arte rasterizada para um EPS quando houver texto ou arte de linha importante a ser adicionada (ou seja, rótulos e linhas de chamada).
O TIFF foi criado por várias razões, mas, como padrão, não possui perdas - um TIF ainda pode utilizar a compressão JPG, mas que precisa ser uma ação deliberada (e tola) da parte de alguém - tornou-se o formato de fato para designers gráficos, uma vez que não resultaram várias edições, é uma perda real de integridade dos dados da imagem principal.
... se o JPEG original já estiver perfeito, é necessário primeiro converter para um formato sem perdas?
Do ponto de vista puramente técnico, você pode apenas usar o JPG se editar uma vez. Mas, como você pode ver claramente, há muitas razões históricas pelas quais estendi minha resposta para afirmar que não é de nenhuma maneira, forma ou forma, a melhor prática.
Ninguém tem como prever com precisão como ou quando uma obra de arte será usada. O EPS é um exagero aqui apenas pelo aumento do tamanho dos dados e ainda não garante que a integridade da imagem seja mantida durante todo o ciclo de vida do projeto e por extensão para a vida da arte. A melhor prática determina claramente que você converta seus JPGs em TIFs antes de fazer qualquer coisa com eles e, em vez disso, use os TIFs.