Editar: A partir do Inkscape 0.91 , os marcadores assumem a cor do objeto. Extensões e soluções alternativas não são mais necessárias.
Esta é uma das perguntas mais freqüentes sobre o Inkscape; portanto, citarei apenas o site :
Como altero a cor dos marcadores (por exemplo, extremidades da seta)?
Por padrão, os marcadores são pretos. Você pode alterar a cor para corresponder à cor do traçado do objeto ao qual eles são aplicados, ativando um efeito: Extensões> Modificar caminho> Marcadores de cor para corresponder ao traçado.
No entanto, esse script é uma ferramenta externa do Python; portanto, você pode ficar sem sorte se usar o Inkscape no Windows ou no Mac OS X (que possui o Python, mas falta alguma dependência). Nesse caso, não há outra maneira senão editar a fonte SVG para os objetos. Doloroso!
Isso deve mudar em algum momento no futuro, pois é um dos recursos mais solicitados (consulte este relatório de bug que reúne progresso ou falta dele). Citando um dos desenvolvedores (em 2008):
Não há dúvida de que esse deve ser o comportamento padrão e é um dos recursos mais solicitados (bug 165865). Mas é uma questão de alguém ter tempo para implementá-lo.
e um depoimento de um usuário, em 2012:
O bug original foi relatado em 2004 ... depois de 8 anos, começo a acreditar que só posso fazer setas pretas