Você pode? Certamente você pode. Você deveria? Provavelmente não, mas depende muito da obra de arte e em qual versão do PDF você salva.
Ao salvar em PDF, você pode descobrir que configurações de aparência mais avançadas podem ficar achatadas. Os PDFs não vinculam a ativos, eles incorporam tudo; portanto, as imagens inseridas são incorporadas o tempo todo. Você também pode achar que os objetos de tipo podem ser convertidos em contornos. Se esses problemas afetam ou não o seu trabalho, somente você pode decidir.
A questão é que, se você salvar um arquivo do Illustrator com as configurações padrão intactas (compatibilidade do PDF ativada), na verdade você salvará 2 arquivos - o .ai e o .pdf no mesmo contêiner. Você pode simplesmente abrir arquivos .ai no Acrobat. Se você salvar um PDF com a opção "Manter recursos de edição do Illustrator" marcada, inverte essencialmente a prioridade dos dois tipos de arquivo e defina-os como .pdf e depois .ai. Então você ainda tem dois tipos de arquivo, mas agora em um contêiner .pdf.
O problema com os dois tipos de arquivo é que, se houver um problema com o arquivo, a primeira coisa que o aplicativo (AI ou Acrobat) fará para tentar reparar um arquivo é excluir qualquer informação de arquivo não prioritária. Por exemplo, digamos que você salve tudo como um arquivo .pdf. Por algum motivo, um arquivo é danificado. Se você tentar abri-lo no Illustrator, poderá acabar obtendo apenas os dados em PDF e perdendo todos os dados nativos da IA, já que os dados em PDF são definidos como dados principais. Novamente, se isso é ou não um problema, somente você pode determinar com base em sua arte.
Pessoalmente, nunca confiaria no formato PDF para manter tudo o que faço no Illustrator. Sem mencionar o fato de que os ativos vinculados não existem em um PDF, tudo é incorporado.
Honestamente, um melhor gerenciamento de arquivos ajudará bastante. Semelhante a como você teria um arquivo do Photoshop em camadas e depois enviaria jpg aos clientes, você nunca editaria o jpg. Usar o Illustrator dessa maneira ajuda bastante. Sempre volte ao arquivo AI nativo. Quaisquer PDFs salvos seriam apenas para entrega do cliente. Então, uma vez enviado, você pode arquivá-los ou simplesmente colocar os PDFs no lixo e reter apenas o arquivo do Illustrator.
Embora o formato PDF tenha percorrido um longo caminho, ele nunca foi concebido como um formato de edição, portanto, muitas vezes altera os objetos para garantir uma saída adequada, em vez de facilitar a construção da edição. Se você deseja garantir que sempre tenha arquivos totalmente editáveis, salve no formato de aplicativo nativo.