Respostas:
Você pode estar fazendo uma pergunta simples: como alterar uma forma selecionada para não ter preenchimento e um contorno preto? As respostas são simples.
Você pode estar fazendo uma pergunta mais difícil: como criar formas com qualquer estilo, sem ter que fazê-las primeiro? A resposta para isso é complicada, infelizmente.
Você pode fazer com que as formas criadas assumam as "últimas cores definidas"
Agora vem a parte chata. Você deve primeiro criar / selecionar uma forma e definir sua cor. Você não pode simplesmente selecioná-lo. Depois disso, o estilo completo é armazenado no buffer do Inkscape, para que a próxima coisa que você faça (no seu caso, um retângulo) assuma esse estilo.