Se você importou um arquivo GIF para o GIMP, seu problema é que sua imagem está no modo indexado. Nesse modo, a maioria dos filtros e ferramentas de cores não funcionam e ficam acinzentados (até o GIMP 2.8 - espere notícias nesta frente no GIMP 2.10).
Portanto, tudo o que você precisa fazer é acessar Image->Mode->RGB
e a entrada de menu Cor para alfa será ativada.
Não acho que isso resolva o problema: Cor para alfa é um plug-in sofisticado para remover uma cor de uma maneira que, se a imagem for colocada sobre um plano de fundo sólido com a mesma cor que foi removida, parecerá exatamente como a imagem inicial novamente: para isso, ela não remove apenas os lugares onde essa cor aparece em forma pura (digamos (0,0.255) verde) - mas torna todas as cores que ficam verdes em sua composição parcialmente transparentes.
Meu conselho seria usar a opção Selecionar por cor para selecionar a cor que você deseja tornar transparente. Se for uma única cor indexada, em vez de várias tonalidades, você poderá definir o threshold
parâmetro como 0 - caso contrário, experimente os controles Threshold
e select by
até marcar todas as partes da imagem que deseja transparentes. Depois disso, basta executar Edit->Cut
(não se esqueça de adicionar um canal Alpha à sua camada antes de fazer isso Layer->Transparency->Add Alpha Channel
) e exportar sua imagem como um arquivo GIF. Você não precisará converter para RGB e voltar ao modo indexado se quiser adicionar alfa e escolher esse método - ele deve funcionar com a imagem no modo indexado.