Sei que isso é antigo, mas tenho procurado por toda parte uma solução.
Problema: as fontes de código de barras seriam impressas na impressora, mas não incorporadas no PDF. Tentei reinstalar as fontes e o criador do PDF e atualizar o Adobe Reader. As fontes foram licenciadas. Eu simplesmente não conseguia fazê-los incorporar em um PDF, não importa o que eu pensava.
Solução (para mim): Desinstale todas as fontes problemáticas primeiro! Faça do usuário do Windows (isso é importante) quem usará o recurso de incorporação um administrador no PC. Geralmente, faça login como administrador do domínio, altere o tipo de conta de usuário para administrador e faça logoff. Faça login novamente e verifique se as fontes foram realmente excluídas da pasta admin.
Reinstale todas as fontes problemáticas. Agora tente criar o PDF. Demoteie o usuário. Por que isso funcionou para mim é que as fontes eram utilizáveis em muitos programas, mas como não foram instaladas como administrador, não foi possível obter o licenciamento para funcionar - quais são as necessidades do PDF para incorporar.
Espero que isso funcione para outra pessoa.