Este é realmente um problema irritante no Gimp; Costumo encontrar projetos com várias camadas, mas com uma camada inferior sem transparência; portanto, ter um canal alfa na imagem final exportada é um completo desperdício de espaço. O Gimp parece não detectar a falta final de transparência; portanto, quando eu exporto para png, sempre acaba contendo um canal alfa.
A melhor solução para isso parece ser usar a função "Achatar imagem" antes de exportar (disponível no menu do botão direito do mouse na caixa de diálogo Camadas ou apenas nos menus em Imagem) ou apenas exportar a imagem e abrir o arquivo exportado (será facilmente acessível no menu "Abrir Recente") e, em seguida, remova o canal alfa da camada agora única e use a função para exportar para o mesmo nome de arquivo novamente.
Ao trabalhar com projetos Gimp xcf, geralmente prefiro o segundo método, pois significa que não há risco de salvar acidentalmente seu projeto achatado e perder todas as suas camadas.