De uma perspectiva de como parece, pode não haver muita diferença. Portanto, se você publicar apenas material impresso, não haverá diferença, exceto em algumas fontes, como Wrzlprmft aponta em sua excelente resposta.
Semântica é importante
A diferença semântica é enorme. Ao usar algarismos romanos, fica evidente que você está falando do número 5 em vez da letra V. Certamente eles parecem iguais, mas significam diferentes. Isso significa que o mecanismo de pesquisa pode ter uma chance maior de encontrar a "XX marca V" ao pesquisar na "XX versão 5".
De fato, a razão pela qual algumas coisas funcionam mal é porque não incorporamos informações semânticas. O mundo seria, de fato, um lugar melhor, se quiséssemos. Portanto, usar o significado semântico correto é o mesmo que usar estilos em um processador de texto versus estilizar manualmente. Há pouca diferença no lado humano, mas grande poder na automação.
As fontes devem formar diferentes algarismos romanos
Os criadores de fontes não os estão usando porque não são usados com muita frequência. Mas, usando essas informações, você pode obter as lajes dos números romanos nas letras que as diferenciam do texto. Portanto, o recurso é subutilizado porque é um uso raro. As fontes realmente não implementam tudo, nem deveriam. Ao usá-los, você se beneficiaria se eles estiverem presentes.
Conclusão
Isso tudo é certamente um problema de galinha e ovo. Se as pessoas não usarem os intervalos de caracteres especiais, nenhuma permissão especial para esses intervalos será feita. Portanto, a fonte não suporta literais romanos com estilo especial, porque isso seria desperdiçar esforço em recursos que ninguém usa. O mesmo se aplica à pesquisa: se ninguém usar literais romanos, nenhum mecanismo de pesquisa encontrará literais romanos e a semântica será perdida. A semântica sofre por não adotar o significado semântico correto. O mesmo se aplica certamente a uma gama mais ampla de caracteres Unicode.
Quanto à complexidade da entrada, sim, a maioria dos usuários não pode escrever caracteres estendidos, mas isso não é desculpa para uma pessoa experiente pular isso, se fizer sentido. Se ninguém melhorar as coisas, nunca haverá progresso. Inferno mesmo palavra tem modos para escrever alfa, digitando / alfa. Portanto, não há realmente nenhuma razão para que não possa haver uma maneira fácil de marcar números ou até sugerir automaticamente esses números. Novamente, se ninguém fizer isso, nunca haverá uma adoção mais ampla.