Normalmente, ilustrações desenhadas à mão / pintadas não terão um único tom de uma cor específica, mesmo que você tenha usado uma única cor para desenhá-la. Isso ocorre porque há textura no papel, na caneta / pincel e geralmente há variação na quantidade de tinta ou tinta depositada em diferentes partes do papel. O processo de digitalização também pode gerar ruído, mas mesmo com os melhores scanners, você ainda não terá cores sólidas perfeitamente uniformes.
É por isso que digitalizar uma ilustração é um processo manual e muitas vezes muito trabalhoso.
Se você possui um tablet digitalizado, isso pode acelerar bastante as coisas. Você pode importar a imagem para o Photoshop e digitalizá-la como uma ilustração de varredura, ou pode importá-la para o Illustrator e torná-la uma ilustração vetorial. Depende em grande parte de suas preferências e do estilo de ilustração.
Se você tiver sorte e tiver uma digitalização de alta qualidade / alta resolução e um design apropriado, poderá usar o recurso de rastreamento ao vivo do Illustrator para converter sua imagem em vetores para você. Esse processo funciona melhor para algumas imagens do que outras. Se você tiver apenas regiões de cores sólidas e bem definidas (sem gradientes) e não muitos detalhes pequenos, esse método funcionará muito bem e exigirá muito pouco ajuste manual posteriormente.
No Photoshop, você pode usar a ferramenta laço magnético para selecionar manualmente cada região de cor e preenchê-la com uma única cor (de preferência como uma nova camada de preenchimento). Ou você pode simplesmente usar a ferramenta pincel e borracha e recriar a ilustração.
No Photoshop, você também pode selecionar um intervalo de cores, mas isso não funciona muito bem na minha experiência (especialmente em comparação com a seleção do intervalo de cores na caixa de diálogo HSL).
Por ser um processo tedioso, acho que a maioria dos ilustradores prefere apenas esboçar os contornos no papel; digitalize; e faça a tinta e a coloração digitalmente.