Não tenho certeza sobre sua instância exata, mas geralmente encontro arquivos PNG que são abertos com preto ou outra cor no lugar da transparência. Normalmente, isso ocorre porque o arquivo PNG usa cores indexadas e possui uma paleta alfa em vez de usar uma máscara alfa completa na própria imagem.
Basicamente, quando você salva um arquivo PNG normalmente, usa truecolor completo de 24 bits (8 bits por canal) mais uma máscara alfa que armazena as informações de transparência (basicamente outro canal de 8 bits). Quando você usa cores da paleta, ele indexa as cores como cores RGB de 24 bits e mantém uma máscara alfa de 8 bits separada.
No entanto, o PNG também suporta paletas alfa . Isso significa que cada uma das cores indexadas é armazenada como uma cor RGBA de 32 bits com os dados de transparência incorporados na paleta. Isso é incomum, uma vez que é difícil fazer de forma inteligente e, infelizmente, não se encaixa nos modos de cores do Photoshop. Assim, quando o Photoshop o abre, ele lê apenas os componentes RGB de cada cor indexada e não encontra uma máscara alfa, para que todos os dados de transparência sejam perdidos.
Não me lembro de encontrar um arquivo em que uma cor fosca arbitrária é aplicada às regiões parcialmente transparentes, mas isso ainda pode ser uma variação do mesmo problema.