O Joomla não carrega o CSS de auto-inicialização automaticamente, mas carrega o JS. Se o seu modelo usa o método padrão para carregar a cabeça do Joomla:
<jdoc:include type="head" />
Carregará arquivos mootools, jquery e bootstrap nesta ordem:
<script src="/media/system/js/mootools-core.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/media/system/js/core.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/media/system/js/caption.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/media/system/js/mootools-more.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/media/jui/js/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/media/jui/js/jquery-noconflict.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/media/jui/js/bootstrap.min.js" type="text/javascript"></script>
Não carrega arquivos CSS. Você pode testá-lo removendo a linha do arquivo de modelo e verificando quais arquivos principais estão faltando.
O CSS de autoinicialização é carregado pelo seu modelo. O Joomla (desde o 2.5 acredito) incluiu o Bootstrap 2.x em seus arquivos de mídia para facilitar o acesso. Por algum motivo, o Protostar não chama bootstrap dos arquivos de mídia. Em vez disso, eles copiaram e colaram todo o CSS de inicialização no arquivo template.css. Outras estruturas chamam o Bootstrap. O Warp 7, por exemplo, possui uma caixa de seleção para ativar ou desativar o Bootstrap.
Como o front-end e o back-end possuem modelos diferentes, o Bootstrap pode ser carregado ou desativado para um e não para o outro. Não há dependência se você deseja desativar o Bootstrap no front-end e não no back-end.
Minha preferência é o Bootstrap 3, portanto, em vários modelos personalizados diferentes, baixei e incluí o CSS do bootstrap 3 no cabeçalho do meu modelo após a linha do cabeçalho do joomla e nas tags do cabeçalho do meu modelo:
$document = JFactory::getDocument();
$document->setMetaData( 'viewport', 'width=device-width, initial-scale=1, minimum-scale=1' );
$document->addStyleSheet($this->baseurl.'/templates/'.$this->template.'/css/bootstrap.min.css');
O método é um pouco diferente para estruturas como o Warp 7. Você também pode carregar diretamente do URL da CDN de inicialização, se preferir.
Portanto, o Joomla não o força a usar o Bootstrap ou qualquer versão do Bootstrap, pelo menos para o CSS. Você pode usar outras estruturas responsivas, se quiser. Tudo é feito no modelo. Não há necessidade de hacks ou plugins.