helper.php:
Este arquivo é o lugar onde todas as suas funções pertencentes a uma classe devem ir. É basicamente a versão do módulo de um modelo para um componente, portanto, tarefas como executar consultas ao banco de dados, etc. Os benefícios desse arquivo são que ele mantém toda a funcionalidade principal em um local. Se um módulo já contiver esse arquivo, 1 regra simples, não o remova.
mod_mymodule.php:
Como o @ subashbasnet8 já mencionou, este arquivo é onde você pode chamar suas funções e também um bom local para obter os parâmetros do módulo e defini-los como uma variável. Você também deve fazer coisas como obter suas POST
variáveis aqui. A marcação HTML não deve pertencer a este arquivo.
default.php:
Esse arquivo deve conter toda a sua marcação HTML simplesmente devido ao fato de permitir que o usuário (ou mesmo o seu) substitua-o, o que é algo que você não pode fazer com os outros 2 arquivos. Também coisas como importar bibliotecas CSS / JS também devem ser inseridas aqui novamente, para que quaisquer substituições possam ser executadas.