Quando o núcleo do Joomla é atualizado, nenhuma substituição na pasta do modelo deve ser afetada. É por isso que eles existem.
Nos itens principais do Joomla, as substituições raramente entram em conflito com as atualizações principais do Joomla. Quando você substitui os arquivos principais do Joomla, ou qualquer arquivo, documento documento documento. Comentar no arquivo de substituição é CRÍTICO se isso acontecer com você regularmente e você administrar mais de um ou dois sites. Você simplesmente não se lembrará do que mudou!
Seu editor de código deve ter um recurso "diff", para comparar o novo arquivo com o antigo e identificar linha por linha que alterações foram feitas. Se você comentou bem, essa diferença mostrará exatamente o que foi alterado e se o arquivo foi afetado pela atualização. Suas únicas alterações devem ser suas substituições ... qualquer outra coisa e você precisa substituí-las.
As substituições de terceiros, no entanto, se tornam um problema apenas se o desenvolvedor não estiver usando a estrutura MVC corretamente. Se um componente ou módulo for disposto adequadamente, o tmpl ou a visualização em questão não deverá ser afetada pelas atualizações de código.
Se houver uma grande mudança de recurso nessa extensão, você definitivamente precisará documentar / comentar e comparar arquivos.