A resposta está na sua pergunta e acredito que seja assim no Magento e também em muitos outros softwares de comércio eletrônico e contabilidade causadores de dependências que o "documento de pedido" possui.
No comércio e na contabilidade, geralmente a edição não é uma maneira de fazer as coisas e, para obter efeito de edição, os saldos de crédito ou débito em contas específicas são alterados com a adição de novas linhas que adicionam ou subtraem valores. Não é um bug e é um recurso, pois contabilidade significa calcular o resultado com base em ações, e não na contagem das ações necessárias para obter algum resultado. Cada edição é uma ação que precisa ser armazenada para fornecer a possibilidade de calcular o saldo, arquivá-lo e calcular ou apresentá-lo repetidamente.
Portanto, no Magento, a ordem como um todo não é editável, pois não é necessária, embora pareça estranho e desnecessário a princípio para quase todos os comerciantes não entenderem. O fato de tornar mais difícil manter sua loja virtual é apenas um efeito colateral de fazer as coisas corretamente.
Se você pensar mais, mesmo alterando todos os irmãos do pedido (endereços, itens, métodos de envio e pagamento, aplicando os descontos), os mesmos problemas ocorrerão se os totais mudarem devido a isso. Você ainda não pode capturar pagamentos se não tiver os dados cc, reembolso etc., pois ele precisa de uma ação do cliente. No comércio eletrônico, você só recebe a atenção do cliente no momento em que ele confirma o pagamento e tudo o que acontece depois disso precisa de mais atenção de ambas as partes.
Portanto, mesmo que na IRL da loja você esteja fazendo algum tipo de pedido, o mesmo processo de adição e subtração de ações será realizado (pela caixa registradora ou em nossas mentes) para finalizar seu pedido e se você precisar alterar após o processo de pagamento, o pedido será descartada e nova é criada para registrar suas novas ações (pagamentos, descontos, bônus, itens etc.). A única coisa que torna isso possível na IRL de maneira mais transparente é que o cliente geralmente está lá para confirmar as alterações e autorizar os pagamentos e todos os detalhes, e ainda acontece um pouco mais rápido em qualquer cérebro, porque as relações são abstraídas.