Bem, a primeira coisa que você deve ter em mente é que o Magento 1 End Of Life será em novembro de 2018, portanto, após essa data, o Magento 1 não receberá mais atualizações, o que pode resultar em vulnerabilidade às lojas Magento 1.
Depois, há vários pontos:
atuação
É um dos pontos-chave, o desempenho do Magento foi aprimorado com a versão 2. Ele inclui cache de página completo pronto para uso, suporta Varnish e PHP7 nativamente. Talvez você possa conferir estas perguntas e respostas sobre o desempenho M1 vs M2: Como o magento 2 é melhor que o magento 1?
A pilha de tecnologia também inclui Redis, RabbitMQ e Solr Search.
Extensões
Dependendo do que você deseja alcançar, nem todas as extensões disponíveis para o M1 ainda foram portadas para o M2 . Definitivamente, isso pode ajudar a tomar uma decisão.
Por outro lado, o novo Magento Marketplace melhorou a maneira como as extensões são disponibilizadas para a comunidade e, assim, garante uma melhor qualidade para as extensões do Magento 2.
Estabilidade
Como você deve saber, o Magento 2 ainda possui alguns bugs (a maioria deles são pequenos, mas alguns podem ser irritantes).
Testes
O Magento 2 é enviado com muitos testes, que são ótimos pontos de bônus para a qualidade do código.
Curva de aprendizado
A curva de aprendizado do Magento 2 é muito diferente do Magento 1. Como o software ainda é bastante recente, a comunidade não escreveu / documentou tantos processos de personalização / desenvolvimento quanto o Magento 1 (mas é isso que o StackExchange é certo;) )
Sua escolha pode não ser tão importante?
Outro ponto importante é que a equipe do Magento fornece uma ferramenta para migrar do Magento 1 para o Magento 2 . Assim, e dependendo do seu projeto, você pode começar com o Magento 1 e migrar para o Magento 2 antes do fim da vida útil do Magento 1.