Eu não sou um grande fã de patches. Pessoalmente, removo todos os arquivos Magento de seus diretórios e carrego a nova versão (usando um script de shell). Todos os arquivos instalados ao longo dos anos, como módulos ou temas, ainda estão lá. Para o banco de dados, faço uma comparação entre novas versões instaladas. Uma maneira é criar ou remover as colunas / tabelas no banco de dados, a outra maneira é instalar novamente o Magento, apenas alterando o nome do arquivo /app/etc/local.xml. Eu prefiro o primeiro.
Se você não alterar a estrutura do banco de dados para a versão 1.9.3.0, ocorrerá alguns erros ou não poderá carregar a área de administração. Se alguém estiver interessado em algumas comparações de diretórios e bancos de dados Magento entre o Magento CE 1.9.2.4 e 1.9.3.0, basta baixar o arquivo aqui:
Comparação Magento: versões 1.9.2.4 - 1.9.3.0
Existem dois arquivos html com resultados visuais muito bons.
Atualizei 4 lojas hoje usando meu método em vez de aplicar patches. Todos estão funcionando sem problemas.