Respostas:
Os atributos de seleção múltipla podem ser definidos como uma lista separada por vírgula (ou também uma matriz) contendo os IDs de valor do atributo.
Então, primeiro temos que converter os valores reais nos IDs internos do Magento.
$attrCode = 'color_base';
$sourceModel = Mage::getModel('catalog/product')->getResource()
->getAttribute($attrCode)->getSource();
$valuesText = explode(',', 'red,green,blue');
$valuesIds = array_map(array($sourceModel, 'getOptionId'), $valuesText);
$product->setData($attrCode, $valuesIds);
$product->save();
Modifique a última linha do código acima
$product->save();
com
$product->getResource()->saveAttribute($product, $attrCode);
Funciona