Lembro-me de que o Prefixo foi incentivado uma vez, porque muitos hosts ofereciam suporte apenas a um banco de dados por usuário; portanto, muitos aplicativos precisavam compartilhar um banco de dados e isso poderia gerar conflitos. Além disso, o prefixo permitiu instalar mais de um magento no mesmo banco de dados.
Mas, ainda há uma razão para eles hoje eu não vejo? Mesmo em um hoster grátis, você obtém, de longe, bancos de dados suficientes o que eu sei.