Você pode adicionar um novo bloco no page.xml
<block type="core/text_list" name="before_body_end" as="before_body_end" translate="label">
<block type="page/html_head" name="footerjscss" as="footerjscss" after="-" template="page/html/footerjscss.phtml"/>
</block>
adicione arquivos JS e CSS em qualquer layout.xml
<reference name="footerjscss">
<action method="addItem"><type>skin_js</type><name>js/slideshow.js</name></action>
<action method="addItem"><type>skin_css</type><name>css/madisonisland.css</name><params/><if/></action>
</reference>
Crie o arquivo .phtml na página / html / footerjscss.phtml e adicione o seguinte
<?php echo $this->getCssJsHtml() ?>
Agora chame o bloco no modelo de página "3columns.phtml" e etc., você precisará gerar esse bloco antes da tag:
<?php echo $this->getChildHtml('before_body_end') ?>
Consulte o código aqui: http://blog.rahuldadhich.com/magento-load-css-js-footer/