Não (apenas) Magento
Eu já vi muitos outros sites invadidos dessa maneira, inserindo código malicioso na base de código, e não apenas no Magento. E existem muitas variantes: scripts que roubam dados POST, scripts que adicionam XSS, scripts que tentam roubar senhas de raiz, scripts que permitem chamadas recebidas para processar dados (para mineração de Bitcoin, para enviar e-mails de spam desse servidor), etc.
Em alguns casos, a causa foi roubada credenciais de FTP (por vírus / malware) de um computador cliente; em outros casos, ela utilizou uma exploração no aplicativo.
Existem muitos outros aplicativos que podem fornecer acesso ao servidor através de explorações, por exemplo, WordPress.
Há apenas um caso em que o Magento seria o culpado e uma ação do Magento é esperada, ou seja: se o aplicativo explorado fosse o Magento da versão mais recente e totalmente corrigido.
Portanto, há apenas uma pequena chance de que este caso destacado tenha sido causado por uma falha no Magento em primeiro lugar. É por isso que você não ouve nada do Magento.
A novidade aqui é que o código inserido está visando especificamente o Magento e usando a arquitetura e os princípios do código do Magento.
O que fazer
Agora, para dar uma resposta à sua pergunta "O que fazer contra isso?"
Nunca execute dois aplicativos diferentes na mesma instância do servidor,
como o WordPress + Magento. Às vezes, você vê o WordPress rodando como em www.magentoshop.com/blog/ ou o Magento em www.wordpresswebsite.com/shop/. Não faça isso. Explorações no WordPress podem dar ao invasor acesso aos seus dados Magento.
Use um sistema de controle de versão
Estou usando o GIT e também o tenho no servidor (acesso somente leitura) para implantar o site. Isso também me fornece uma visão rápida das alterações no sistema executando git status.
Nunca use FTP, apenas SFTP, nunca armazene senhas
que mencionei acima que as senhas de FTP foram roubadas de um computador cliente. O uso do FTP também não é seguro, pois envia dados não criptografados pela Internet. Portanto, use SFTP e nunca armazene suas senhas em seu aplicativo FTP, apenas não seja preguiçoso e digite-as sempre que se conectar ao seu servidor.