Não é uma solução direta para resolver seu problema, mas isso deve ser resolvido na versão CE 1.8, que está prevista no final deste mês,
Em http://www.magentocommerce.com/knowledge-base/entry/ce-18-later-release-notes :
Arredondamento de correções de erros
Os seguintes problemas estão relacionados a erros de arredondamento de um centavo na loja virtual ou no carrinho de compras:
- Cálculo de impostos para produtos em pacote com preços em camadas.
- Cálculo do preço antes da personalização para produtos em pacote.
- Calculando o total geral de itens adicionados a um carrinho em uma ordem diferente.
- Visualização de um pedido quando os impostos são calculados após um desconto usando o preço por unidade ou por unidade. Aplicar um desconto a um pedido com um endereço de entrega diferente do endereço de cobrança.
- Calculando o total geral com base na ordem em que os produtos são adicionados ao carrinho de compras. Especificar que os preços sejam exibidos na loja virtual, excluindo impostos e definindo uma taxa de imposto de 20% (ou taxa de desconto), agora calcula o total geral corretamente. Agora é possível ter totais gerais em valores como 6,99, 9,99 ou 99,99, independentemente das unidades monetárias usadas na loja virtual.
- Adicionar vários itens a um carrinho não afeta a precisão com que a tributação é calculada.
- O subtotal (imposto incluso) agora está correto quando os preços de catálogo e frete incluem impostos. Impostos e descontos são aplicados após impostos.
- Os preços exibidos no carrinho e na página do catálogo são consistentes e corretos quando os preços do catálogo incluem impostos e quando os itens no catálogo são configurados para exibir impostos incluindo e excluindo. (No Painel de administração, clique em Sistema> Configuração> VENDAS> Imposto. No painel direito, expanda Configurações de cálculo.)
- Erro no cálculo do total geral excl. O imposto foi resolvido. Este erro ocorreu em uma configuração específica: o imposto é aplicado ao FPT, o FPT é incluído no subtotal e o cliente seleciona o envio de taxa fixa não tributável.