No meu caso, funcionou usando o sudo
sudo bin/magento setup:upgrade
EDIT 19/02/16
Na verdade, a solução "sudo" é mais uma solução alternativa para más permissões / propriedade de arquivos Magento.
Se você ainda não possui um proprietário de sistema de arquivos Magento, crie um e adicione-o ao grupo apache.
adduser magento
passwd magento
//CentOS
usermod -g apache magento
//Ubuntu
usermod -g www-data magento
//restart apache
//CentOS
service httpd restart
//Ubuntu
service apache2 restart
Agora que você tem seu usuário, pode definir a propriedade e as permissões (com root ou um usuário com sudo)
cd /var/www/html/magento2beta/magento2
find . -type d -exec chmod 770 {} \; && find . -type f -exec chmod 660 {} \; && chmod u+x bin/magento
//CentOS
chown -R magento:apache .
//Ubuntu
chown -R magento:www-data .
Mudar para o usuário magento
su magento
Agora você deve poder executar o php bin / magento setup: upgrade ou qualquer outro comando com seu usuário magento