Não há informações suficientes para ter certeza de que estou respondendo a pergunta. Por que você acredita que a ECU foi desativada? O carro não liga?
Não tenho certeza do procedimento que você usou, mas dê uma olhada nessas instruções e tente reprogramar o controle remoto.
Remova a chave da ignição. Bloqueie todas as portas, mas abra a porta do lado do motorista. Deixe-o desbloqueado. Insira a chave na ignição duas vezes dentro de cinco segundos. Não vire. Feche e abra a porta duas vezes. Insira a chave novamente e remova-a da ignição.
Feche e abra a porta do lado do motorista. Feche e abra a porta do lado do motorista novamente. Insira a chave. Deixe na ignição. Feche a porta. Gire a chave para “On”, sem ligar o motor, e depois desligue-a. Remova a chave. Você ouvirá a porta trancando o som.
Pressione e segure os botões "Bloquear" e "Desbloquear" no controle remoto por dois segundos e solte os botões. Em seguida, pressione e segure "Lock" por três segundos. O controle remoto está agora programado.
Depois disso, o controle remoto deve funcionar depois disso. Se o carro não iniciar antes, tente depois de trancar o carro com o controle remoto, destravando-o e depois abra a porta do motorista, coloque a chave e tente iniciá-lo.
Novamente, não tenho certeza se estou respondendo corretamente com base na sua breve descrição. Se não, tente esclarecer o problema e veremos se há uma resposta melhor.