Não consigo pensar em nenhuma razão para danificar a eletrônica do seu carro, a menos que você toque em um dos seus cabos de salto em algum lugar que não deveria e faça um curto em algo delicado ou conecte os fios de trás para a frente.
Conectá-los de trás para a frente não deve danificar a eletrônica, pois seu carro deve ter proteção contra esse tipo de coisa, mas é a principal coisa a verificar - apenas por precaução.
Um exemplo em que posso pensar pode ser - um aparelho de som automotivo de reposição pode não ter proteção contra surtos / voltagem e pode ser conectado diretamente à bateria, não através do interruptor de ignição; portanto, conectar 12v através dele da maneira errada pode danificá-lo. Mais realisticamente, pode apenas queimar um fusível ou um diodo.
Como comentado abaixo, isso pode danificar as baterias - eu estava falando puramente de eletrônicos. Cuidado com as baterias :-)