É por causa de algumas coisas: a bateria está muito descarregada e o alternador não consegue produzir energia suficiente nas RPMs ociosas para executar o sistema inteiro e carregar a bateria. Isso leva a uma falta de energia que pode matar um ou mais sistemas, provavelmente o sistema de "ignição" por faísca, pois isso consome mais energia e é necessário para o funcionamento do carro.
De fato, você pode remover completamente a bateria, certificando-se de que o cabo positivo esteja isolado e conduza o carro dessa maneira também. Pelo menos uma vez que você começar.
Andre Borie tem um bom argumento. remover a bateria pode causar danos a alguns dos componentes eletrônicos mais delicados do carro. Isso ocorre porque a bateria age como um grande capacitor, suavizando alguns dos picos maiores do sistema elétrico. Esses picos podem se originar de muitas fontes diferentes: o alternador, picos de energia dos conjuntos de bobinas ou até mesmo um fio cruzando algo como um fio de vela causando alguma indução.
O kmarsh abaixo tem um bom ponto aqui é um vídeo sobre como um alternador auto-inicial funciona e se o carro estiver parado por muito tempo, o alternador também pode ficar esticado. Da próxima vez que você achar que seu alternador morreu, tente pular e forçar.