Duas possibilidades vêm à mente: ambas podem resultar do fato de a moto estar "totalmente coberta com água". Ambos surgiriam da água nos lugares errados.
Primeiro, quando totalmente submersa na água, a bateria pode ter descarregado porque a água fez uma conexão elétrica entre os conectores + e -. Além disso, essa descarga pode danificar a bateria, de modo que não pode mais ser carregada. De qualquer forma, verifique se a bateria está carregada; caso contrário, carregue-o; e, se não puder ser feita uma carga, substitua-a. E mesmo com uma bateria nova e boa, a bicicleta pode não funcionar por causa dos assuntos discutidos no segundo parágrafo abaixo.
Segundo, também quando totalmente submerso, o sistema elétrico da bicicleta estará completamente coberto de água. É muito provável que peças internas do sistema elétrico (interruptores, relés, fios e conectores, gerador ou alternador e regulador de tensão, etc.) ainda estejam cheias de água e não estejam funcionando como deveriam. Além disso, os componentes que deveriam ser eletricamente independentes de outros componentes podem agora estar incorretamente conectados porque a água, mesmo que um pouco, permitirá um caminho elétrico entre eles. Você precisará desmontar e verificar, limpar e secar todos os componentes do sistema elétrico da bicicleta, bem como os espaços entre eles que possam conter umidade.