Aqui está o que está acontecendo nos seus cenários:
Parada em ponto morto: o motor está funcionando em marcha lenta, as engrenagens da transmissão são desconectadas dos eixos de transmissão (sendo os eixos de transmissão que conectam a transmissão às rodas motrizes, que são as rodas dianteiras do seu Honda). O motor e a transmissão não sofrem mais desgaste do que o carro estacionado.
Parando em marcha: seu pé está fora do acelerador; portanto (supondo que o seu Fit tenha um motor a gasolina), o suprimento de ar para o motor está quase cortado e está consumindo pouco combustível. Ele "deseja" girar na velocidade de marcha lenta (aproximadamente 1000 RPM), mas como ainda está conectado à transmissão pela embreagem e porque a transmissão está engrenada, ela é forçada a girar a uma velocidade que corresponda à taxa de câmbio atual e velocidade do carro. O motor está atuando como um freio neste cenário, que coloca um pouco mais de desgaste nele e na transmissão do que se fosse desconectado pressionando o pedal da embreagem ou colocando a transmissão em ponto morto.
A inércia da engrenagem colocará um pouco mais de desgaste no trem de força, mas não em uma quantidade prejudicial. De fato, algumas vezes um motorista depende deliberadamente do efeito de frenagem do motor em uma longa seção de estrada, para evitar o superaquecimento dos freios. Quanto mais baixa a transmissão, mais forte é o efeito de frenagem do motor e mais desgaste no sistema de transmissão.
Supondo que você estivesse em velocidade de cruzeiro no topo da colina e, portanto, em alta velocidade, descer a colina com a mesma velocidade não fará mal a nada. Eu acho que a diferença no desgaste será insignificante. O que é mais econômico em combustível, não tenho certeza.
Um ponto relacionado: deixar a embreagem desengatada durante a parada (ou seja, manter o pedal da embreagem pressionado) acelerará o desgaste do embreagemthrowout bearing (crédito: comentário de @Ukko abaixo). Se um motorista está indo para a costa, acho que um pouco menos de desgaste é sofrido ao mudar para neutro e depois engatar novamente a embreagem (ou seja, soltar o pedal da embreagem). No entanto, o desgaste extra pode ser insignificante nos carros atuais; veja o comentário de @ Ukko a esta resposta.