IMHO, a maior desvantagem do OpenVPN é que não é interoperável com a grande maioria dos produtos de fornecedores de redes de "grandes nomes" por aí. Os produtos de roteador e segurança da Cisco & Juniper não são compatíveis - eles oferecem suporte apenas a IPsec e VPNs SSL proprietárias. Palo Alto, Fortinet, Check Point, etc. também não o suportam. Portanto, se sua organização / empresa deseja configurar uma VPN de extranet site a site para outra empresa e você só possui um dispositivo OpenVPN, provavelmente estará sem sorte.
Dito isto, algumas empresas de hardware e software de rede estão começando a adotar o OpenVPN. MikroTik é um deles. É suportado desde o RouterOS 3.x:
http://wiki.mikrotik.com/wiki/OpenVPN
Além disso, por muito tempo, a única maneira de executar um cliente OpenVPN no iOS da Apple exigia o jailbreak. Não é mais assim:
https://itunes.apple.com/us/app/openvpn-connect/id590379981?mt=8
No geral, a situação está melhorando. No entanto, sem fornecedores como Cisco e Juniper implementando-os em seus produtos, não vejo grandes empresas adotando-os sem enfrentar problemas de interoperabilidade.