Você pode ler sobre o melhor funcionamento desses protocolos, eles estão completamente documentados na Internet e é uma fraude encontrar informações sobre eles.
De uma perspectiva prática, eu diria que, no caso de EIGRP vs OSPF, o OSPF sempre vence pelos seguintes motivos:
Velocidade de convergência :
Todos sempre mencionaram que o EIGRP é mais rápido que o OSPF usando as configurações padrão. Se você implantar um dos protocolos sem ler sobre eles e usar as configurações padrão, claramente não saberá o que está fazendo na minha opinião. Por que você implantaria as configurações padrão sem saber o que elas são e quando você percebe o que elas são, percebe que o OSPF suporta BFD e se torna extremamente rápido (como o ISIS).
Engenharia de Tráfego :
Como o OSPF, como o ISIS, é baseado nos valores TLV, ele foi estendido bastante. Ele suporta extensões como MPLS-TE e GMPLS.
Expansão Contínua
Como mencionei acima, o OSPF e o ISIS foram estendidos bastante e os rascunhos de extensão estão sendo escritos com bastante regularidade e continuarão sendo. O EIGRP não possui muitas das opções avançadas que esses dois possuem.
Escalabilidade
O OSPF é melhor que o EIGRP com o uso de áreas, mas também não acho que isso realmente importe (como o argumento do tempo de convergência, devido ao BFD). Poucas pessoas estão executando rotas 10k em uma área no OSPF. Normalmente, eu usaria um IGP para roteamento rápido dentro de uma determinada parte de uma rede, mas, finalmente, o iBGP carrega todas as rotas internas. Todo roteador não precisa de todas as rotas internas em seu RIB originadas via OSPF, se você tiver centenas ou milhares ou roteadores, alguns deles estão tão distantes (topologicamente falando) que é inútil conhecê-los.
Interoperabilidade
Por fim, há obviamente a razão pela qual o EIGRP é / era uma tecnologia proprietária da Cisco. Embora isso tenha sido submetido recentemente a um rascunho para outros fornecedores de software começarem a incorporar, é tarde demais (acredito). Nenhuma rede atualmente em execução vai desperdiçar grandes somas de dinheiro trocando de outro IGP para EIGRP, e não sei por que uma nova rede consideraria isso (se você estiver misturando equipamentos da Cisco com outros que não são da Cisco). Simplesmente porque o equipamento não-Cisco que suporta OSPF o faz há anos. O código é testado e testado, muitos bugs foram corrigidos, grande quantidade de informações on-line etc. Levará anos para o EIGRP recuperar o atraso (se já não for tarde demais!).