De longe, o problema mais comum seria a configuração incorreta. Algumas pessoas ainda mantêm antigas crenças de que a negociação automática não funciona de maneira confiável.
Se você tiver fornecedores diferentes, pode haver problemas, mas não o vejo com muita frequência. Prefiro confiar na negociação automática como minha primeira solução e, se isso falhar, voltaremos a codificá-la.
É bastante comum ver portas operando em 100 / metade, porque se um lado tem auto e o outro lado tem 100 / full, a velocidade pode ser detectada, mas o duplex deve ser considerado metade, porque não pode ser negociado.
Seu NMS deve ser capaz de detectar isso, mas você pode fazer um script que faça logon e faça:
sh int status | i half
E reporta todas as interfaces em execução em half-duplex. Isso funcionaria apenas para switches. Para roteadores, você precisaria de algo como:
sh interfaces | i Fast|Giga|half
Então você precisaria analisá-lo de alguma maneira. Provavelmente é melhor usar o SNMP. Navegando na página SNMP do Ciscos O SNMP Object Navigator indica que você deve poder usar o OID 1.3.6.1.4.1.9.5.1.4.1.1.10, que é PortDuplex.