Algumas razões.
Primeiro, é assim que sempre foi e os ISPs são relutantes em alterar uma configuração de trabalho.
Em segundo lugar, é possível criar tradutores entre diferentes tipos de PPP. Só porque o que o roteador vê é PPPoE não significa que o caminho de volta ao seu ISP seja uma simples rede Ethernet. Você pode ter uma configuração que é PPPoE do seu roteador para o modem, PPPoA do modem para o DSLAM e L2TP de volta para o seu ISP.
Em terceiro lugar, o PPP fornece identificação e autenticação. Isso é importante por alguns motivos, primeiro para permitir a identificação robusta de usuários abusivos. Em segundo lugar, para permitir que vários ISPs operem na mesma rede de acesso de banda larga. Em terceiro lugar, para garantir que os usuários que adquiriram pacotes com IPs estáticos obtenham o IP correto.