A fibra multimodo tem um núcleo maior e usa óptica menos precisa do que a fibra monomodo. Isso torna os transceptores (SFPs no seu caso) mais baratos que seus equivalentes monomodo. Isso também significa que eles não podem filmar a uma distância maior que o modo monomodo, porque a luz é dispersa na fibra e apresenta características de longo alcance ruins.
OM3 é uma especificação de fabricação para fibra multimodo. Provavelmente isso deve funcionar bem para suas necessidades. A Wikipedia tem uma boa comparação de diferentes especificações de fibra multimodo:
http://en.wikipedia.org/wiki/Multi-mode_optical_fiber
Você precisará de SFPs compatíveis (correspondentes) nas duas extremidades da fibra e eles precisarão corresponder ao tipo de fibra (monomodo versus multimodo). Como o fator limitante para a velocidade nesse caso seria os SFPs, seria bom instalar o cabo OM3 e SFPs de gigabit regulares. Quando estiver pronto para atualizar para uma conexão de 10 Gbps, você precisará atualizar seus SFPs e possivelmente seus switches.
Você também precisará levar em consideração em que tipo de ambiente sua fibra estará. Se for executada dentro de um edifício, você ficará bem com fibra normal, mas se for executada no chão ou em uma área suscetível a danos, seria melhor usar o cabo de fibra OSP (OutSide the Premises) com revestimento.