O Cisco IOS armazena sua configuração em um arquivo de texto (exceto informações de segurança desde a versão 12 (IIRC)). Na inicialização (ou após um config memory
comando), o arquivo de configuração é lido e interpretado.
Uma string de versão é gravada no arquivo de configuração para que o carregador de inicialização possa decidir se é provável que ele entenda ou não o arquivo. Tanto quanto me lembro, um aviso é gravado no console no caso de uma incompatibilidade de versão, mas o roteador ou o comutador continua sendo inicializado. Não é necessário nem útil ter a string de versão completa no arquivo (e uma configuração será carregada sem nenhuma string de versão).
Como é possível copiar arquivos de configuração do armazenamento externo diretamente para a memória flash ou até inicializar um dispositivo IOS a partir de uma configuração armazenada remotamente, é útil para quem gerencia arquivos de configuração ter a sequência de versões no início do arquivo.
show running-config
exibe no texto a configuração em execução no momento, para gerar a sequência de versões do IOS em execução no momento, como seria gravado se alguém salvasse a configuração.
show version
relata a string de versão incorporada na imagem do IOS em execução, o que é outra coisa. Nesse caso, geralmente se interessa por todos os detalhes.