http://www.babycenter.com/0_strabismus-and-amblyopia_10890.bc
http://www.aapos.org/terms/conditions/21
A resposta parece bastante clara: é normal para os recém-nascidos, mas, como esse período durou três meses, você definitivamente deveria perguntar ao seu médico.
"Felizmente, essas condições podem ser tratadas com sucesso se detectadas precocemente."
Conheci um garoto em idade de jardim de infância que tinha um adesivo no olho e vi bebês com o mesmo. Também pode ser uma indicação de outros problemas de visão, como miopia (nesse caso, os óculos podem resolvê-lo) ou pode ser um problema nos tendões ou músculos que podem exigir cirurgia. Ou nessa idade ainda poderia simplesmente desaparecer por si só. Eu, pessoalmente, não me preocuparia muito - se isso é um problema, você já está à frente da curva.